大体の色つき整形では顔の下に行きますが、現行ガチャの「凛々しき少女騎士アイズ　蒼眼」も肌色なのに同じようになりますね。「怒りだす3秒前」を使っても黒くなりません。黄色は反映されます。赤は所持してないので未確認です。

仕様かどうかは運営にしかわかりません
ここで尋ねてもユーザーの憶測にしかならないので、直接運営に問い合わせをされてみては？

特にメタモルスタイリッシュメガネは実装直後、
一部の整形のみ通常肌でも顔の下に眼鏡がいってしまう不具合のあったアイテムです
問い合わせをしてすぐ修正してもらえたので、対応してくれる可能性はあると思いますよ

ということは仕様ということなのでしょうかね。
メイクはまだしも口元やメガネは上に乗ってほしいものですが…
特にメガネは変に顔の横からはみだしてますし。
ご返答ありがとうございました。

手系アイテムで表情変化やメイクが伴うアイテムは、他のカラー整形でも同じようになるかと思います。
少なくとも自分の手持ちの手系表情変化・化粧系アイテムは全て仰るように顔の下に表示される状態になりました。

先日こちらの整形を入手したのですが、
この整形に手系アイテムで表情変化が伴うアイテムを使用すると
顔の下に行ってしまうのですが仕様なのでしょうか？
ホワイトカラーは初めて使ったもので、他に試す整形を持っていません。

試した手系アイテムは｢メタモルスタイリッシュメガネ　ブラック｣
｢インセサントティアーズネイル　ブルー｣｢化粧つき扇子｣
｢今宵はカクテルで…　ミドリミモザ　ブルームーン｣です。